Ein dreiköpfiger Vorstand, der vom Rat gewählt wird, leitet die Stiftung Naturschutz Schleswig-Holstein.
Er besteht aus einem ehrenamtlichen Mitglied aus den Reihen der 15 Ratsmitglieder und hat den Vorstandsvorsitz inne. Im Juni 2019 wurde die Landtagsabgebordnete Sandra Redmann (SPD) in dieses Amt gewählt. Ihr stehen zwei geschäftsführende Vorstandsmitglieder zur Seite, seit vielen Jahren Dr. Walter Hemmerling, der die Geschäftsstelle der Stiftung leitet, und Ute Ojowski, Geschäftsführerin der Ausgleichsagentur Schleswig-Holstein.

Der Stiftungsrat untersteht dem/der jeweilig amtierenden Staatssekretär*in im Ministerium für Energiewende, Klimaschutz, Umwelt und Natur und übt die Kontrollfunktion aus. Katja Günther bekleidet derzeit dieses Amt. Das Ministerium ist die Rechtsaufsichtsbehörde.

Im Rat sind Vertreter aus dem Naturschutz, der Politik und Wirtschaft und Gesellschaft vertreten.

Ratsmitglieder mit Funktionen:

1. Katja Günther, Staatssekretärin im Ministerium für Energiewende, Klimaschutz, Umwelt und Natur
2. Hermann Schultz, Landesvorsitzender NABU Schleswig-Holstein
3. Dr. Mareike Stanisak, Landesverband der Wasser- und Bodenverbände Schleswig-Holstein
4. Ludwig Hirschberg, Bauernverband Schleswig-Holstein
5. Prof. Dr. Holger Gerth, Landesnaturschutzbeauftragter
6. Dr. Klaus Thoms, Industrie- und Handelskammer zu Kiel
7. Mathias Zobel, Finanzministerium des Landes Schleswig-Holstein
8. Hans-Jörg Lüth, Mitglied des Kreistages Rendsburg-Eckernförde
9. Christian Stölting, ehemals Amt Bad Bramstedt-Land
10. Dr. Florian Schulz, Bund für Umwelt und Naturschutz Landesverband Schleswig-Holstein
11. Cornelia Schmachtenberg, MdL für die CDU-Fraktion
12. Silke Backsen, MdL für die Fraktion Bündnis 90 / Die Grünen
13. Birgit Herdejürgen, MdL für die SPD-Fraktion
14. Christian Dirschauer, MdL für die SSW-Fraktion
15. Stefan Rathgeber, Landesnaturschutzverband Schleswig-Holstein