Die Doppelspitze des Vorstands, der vom Stiftungsrat gewählt wird, leitet die Stiftung Naturschutz Schleswig-Holstein. Er besteht aus einem ehrenamtlichen Mitglied aus den Reihen der 14 Ratsmitglieder und hat den Vorstandsvorsitz inne. Am 1. Juli 2024 wurde die ehemalige Ministerin für Landwirtschaft, Umwelt und ländliche Räume Dr. Juliane Rumpf in dieses Amt gewählt. Ihr steht Ute Ojowski, die schon 2020 in den Vorstand gewählt wurde, zur Seite. Zuvor leitete Ojowski zehn Jahre lang als Geschäftsführerin die Ausgleichsagentur Schleswig-Holstein, eine 100%igen Tochtergesellschaft der Stiftung Naturschutz Schleswig-Holstein.

Der Stiftungsrat untersteht dem/der jeweilig amtierenden Staatssekretär*in im Ministerium für Energiewende, Klimaschutz, Umwelt und Natur und übt die Kontrollfunktion aus. Katja Günther bekleidet derzeit dieses Amt. Das Ministerium ist die Rechtsaufsichtsbehörde.

Im Rat sind Vertreter aus dem Naturschutz, der Politik und Wirtschaft und Gesellschaft vertreten.

Ratsmitglieder mit Funktionen:

1. Katja Günther, Staatssekretärin im Ministerium für Energiewende, Klimaschutz, Umwelt und Natur
2. Thomas Behrends für den Naturschutzbund Schleswig-Holstein Schleswig-Holstein (NABU SH)
3. Eva Maria Kühl für den Gemeinde und Städtetag Schleswig-Holstein
4. Hans-Heinrich Gloy für den Landesverband der Wasser- und Bodenverbände Schleswig-Holstein
5. Kathrin Ostertag für die Industrie- und Handelskammer
6. Catharina Uekermann für das Finanzministerium des Landes Schleswig-Holstein
7. Ludwig Hirschberg, Bauernverband Schleswig-Holstein
8. Hans-Jörg Lüth, Mitglied des Kreistages Rendsburg-Eckernförde
9. Dr. Florian Schulz, Bund für Umwelt und Naturschutz Landesverband Schleswig-Holstein
10. Cornelia Schmachtenberg, MdL für die CDU-Fraktion
11. Silke Backsen, MdL für die Fraktion Bündnis 90 / Die Grünen
12. Birgit Herdejürgen, MdL für die SPD-Fraktion
13. Christian Dirschauer, MdL für die SSW-Fraktion
14. Stefan Rathgeber, Landesnaturschutzverband Schleswig-Holstein